Серед найвідоміших художніх творів Винничука романи «Діви ночі» (1991), «Танґо смерті» (2012), «Аптекар» (2015), «Цензор снів» (2016) та «Лютеція» (2017). Винничук також відомий як упорядник таких краєзнавчих книг як «Легенди Львова» (1999), «Кнайпи Львова» (2000), «Таємниці львівської кави» (2001) тощо, а також як автор численних збірок та антологій української літератури. Зокрема, Винничук є упорядником антології української фантастики XIX століття «Огнений змій» (1989), збірки української літературної казки XIX століття «Срібна книга казок» (1993), збірки українських літературних казок «Зачароване місце» (2006) тощо. Окрім того, у період з 2001 по 2010 рік у видавництві Піраміда вийшло 12 книжок різних авторів під брендом «Юрій Винничук презентує».
